龙野带着娜姿和喵喵离开了三曜道馆，临走之时娜姿对天桐他们竖起了大拇指：“你们店里的甜品很好吃。”
看着远去的龙野他们，寇恩对着自己的兄弟说道：“像龙野先生这样强大的训练家竟然还愿意带着新收服的小精灵进行道馆挑战，真是让人惊讶啊。”
“或许这就是他的一种修行方式吧。”天桐若有所思。
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离开三曜道馆回到住宿的小精灵中心，龙野接到了零打来的电话。“老板，洛亚的基因分析已经有了结果。”
当龙野还在杰可罗拉群岛旅行的时候零就报告了小洛亚出现在漩涡列岛的冲岛这件事，同时火箭队的南波博士也带人出现在了漩涡列岛。
龙野知道火箭队在漩涡列岛海底有一个秘密的研究基地，他们这一次行动的目标就是洛亚。
因为不想去招惹洛亚，所以龙野告诉零只是监视就好，如果火箭队的人对洛亚出手想办法救出洛亚，同时找机会得到大洛亚和小洛亚的基因样本。
零得到任务的第二天小智一行人就抵达了冲岛，在他们发现小洛亚的同时火箭队也展开了行动。
抓捕小洛亚引来大洛亚，南波博士的目的是以洛亚的力量为基础开发新的能源。在南波博士看来人类是被选上的生物，人类以外的生物都是为了服务人类而存在的。
虽然南波博士的想法十分偏激，不过不得不说这位秃顶博士在研究方面有着惊人的天赋。合众地区电浆团里的那位阿克罗玛博士以后会展开控制小精灵的研究，然而南波博士提前三年的时间就已经进行相关的研究并取得成果了。
小洛亚被抓，愤怒的大洛亚让整个漩涡列岛的天空风云变色，让天地动容的能力让远远观察的零真正见识到了海之的可怕。
小智一行人说服大洛亚并和它定下约定，他们潜入火箭队的基地准备救出小洛亚。
零让始源队的特工伪装成火箭队的样子紧随其后，在小智等人被抓之后通过制造混乱的方式救出小智一行人，紧接着和小智他们一起救出了两只洛亚。
骗小智等人说自己的国际刑警，那位特工在取得了两只洛亚的羽毛之后抽身离去。
零亲自护送这些羽毛回到了始源队总部，始源队的科研人员用仪器仔细分析了两根羽毛蕴含的基因。
直到今天为止，他们才得出了最后的结论。
“检测结果如何？”龙野急切的问道。
“两根羽毛含有的基因有所区别。”零说出了最后的答案，“我们的科研人员已经做了好几次实验，结果都是表明它们的基因有区别。”
“哈哈，果然如此。”龙野难以平复内心的激动。他非常清楚这个结论意味着什么，或许还有其他的在未知的地方生活着呢。
“老板，根据我们对大洛亚行为的观测，这只洛亚与前段时间出现在橘子群岛的洛亚并不是一只。”零又说出了另外一个消息。
