官员们的愤怒使他们下定决心采取另一种方式，他们直接向万历参奏张居正。严格地说来，翰林编修上本是一种超越职权的行为，遭到反击的机会极大。但是他们熟读孔孟之书，研究历史兴亡之道，面对这种违反伦常的虚伪矫情，如果不力加诤谏而听之任之，必然会影响到本朝的安危。而且，本朝历史上集体上书的成例具在，最先往往由职位较低的人用委婉的文字上奏，以后接踵而来的奏章，辞句也会越来越激烈。皇帝因此震怒，当然会处分这些上奏的人，但其他的高级官员会感到这是公意之所在，就要请求皇帝的宥免，同时又不得不
对问题发表公正的意见。这样就迫使整个朝廷卷入了这场争端，即使抗议失败，鼓动舆论，发扬士气，揭发纠举的目的已经达到。哪怕有少数人由此牺牲，也可以因为坚持了正义而流芳百世。
纠举张居正的事件按照这一程序开始。最先由两名翰林以平静的语调在奏章中提出：因为父丧而带来的悲痛，使张居正的思想已不能如以前的绵密。强迫他夺情留任，既有背于人子的天性，国家大事也很难期望再能像从前那样处理得有条不紊，所以不如准许他回籍丁忧，庶几公私两便。在两名翰林之后，接着有两个刑部官员以激烈的语气上书，内称张居正贪恋禄位，不肯丁忧，置父母之恩于个人名利之下。如果皇上为其所惑，将带给朝廷以不良的观感，因此恳请皇上勒令他回籍，闭门思过，只有如此，才能对人心士气有所挽回。
张居正既被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那里。个中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到严惩。他们的罪名不在于触犯首辅而在于藐视皇帝。
圣旨一下，锦衣卫把四个犯官逮到午门之外。两个翰林各受廷杖六十下，并予以“削籍”，即褫夺了文官的身分而降为庶民。另外两个官员因为言辞更加孟浪，多打二十下。打完以后再充军边省，终身不赦。掌刑人员十分了然于犯官的罪恶，打来也特别用力。十几下以后，犯官的臀部即皮开肉绽，继之而血肉狼藉。受责者有一人昏死，嗣后的复苏，也被公认为是一个迹，另一人受刑痊愈之后，臀部变成了一边大一边小。刑罢以后，锦衣卫把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宫门之外，听凭家属领回治疗。有一些官员向犯官致以慰问，被东厂的侦缉人员一一记下姓名，其中的某些人且在以后被传讯是否同谋。
皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅弼，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示儆戒，如果有人胆敢继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。这样严肃的语气，等于为再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办事进士名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后五年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加恩只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。
