心里的愿望难于实现而且无法明言，同时又缺乏可以密商的智囊人物，从此他就成了一个孤独的君主。他很想把内阁大学士拉到自己这一方面来，但也不敢公然出口。而事与愿违，历届的首辅都以群臣的发言人自居，不断地催促皇帝按长幼之序册立常洛为太子。催促无效，首辅只能引咎自责，挂冠而去。这样一来，做皇帝的不得不应付几个个性完全不同的首辅，应付几种不同方式的催促，因而搜索出来的理由就前后不能一致，从而使人更清楚地感觉到他确实缺乏诚意。
虽然形势对他十分不利，他仍然不放弃他的愿望。臣僚们纷纷猜测，究竟是皇帝受到了郑氏的逼迫，以致一意孤行，还是他想用拖延的办法，等待皇后自然地死去?孝端皇后的健康情况据说极有问题，如果一旦不讳，皇贵妃郑氏递补而为皇后，就足以使任何人找不到根据加以反对。但是孝端皇后偏偏不肯合作，她带病延年，仅仅比皇帝早死四个月。而这时由于众意难违，万历早已屈服，常洛被封为太子已经二十年了。
分析上述问题，还有一个因素不能排除，就是在万历登极以后，虽然坐在他祖先坐过的宝座之上，但他的职责和权限已经和他的前代有所不同。他的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他却是在他的臣僚教育之下长大的。他的责任范围乃是这群文臣们所安排的。他的感情更需作绝对的抑制。这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文巨们就愈是称颂他为有道明君。
这样的一个皇帝，实际上已经不是国事的处置者，而是处置国事的一个权威性的象征。他应该做到寓至善于无形。如果他能够保持感情与个性的真空，经常演习各种礼仪，以增强抽象的伦理观念，他就和上述要求恰相符合。
多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
